Nachdem der evangelische Glaube in der Reformationszeit auch in Marsberg auf sehr fruchtbaren Boden gefallen war, wurde er durch die Gegenreformation fast völlig verdrängt. Nach Auflösung des Kapuzinerklosters im Bereich der heutigen LWL-Klinik wurde deren Kirche bis auf den Chorraum abgerissen. Dieser Chor diente evangelischen und katholischen Christen in der Provinzial Heilanstalt zur Feier der Gottesdienste. 1845 wurde Arnold-Moritz Stapenhorst dort erster Pfarrer und versorgte die evangelischen Christen der Stadt mit. Durch Zunahme der evangelischen Patienten und Gemeindemitglieder reichte der Chor nicht mehr aus. Der kühne Plan, die alte Magnuskirche zur evangelischen Kirche umzuwidmen und für die katholische Gemeinde eine neue Kirche zu bauen, wurde verworfen.
Ab 1846 bemühte man sich um einen Neubau, scheiterte aber an der Finanzierung.
1856 wurden die evangelischen Patienten der „Irrenanstalt“ (so damals der geläufige Begriff) in andere Orte verlegt. Nun bekamen die Bemühungen um die Gründung einer evangelischen Gemeinde neuen Aufwind und der Bau einer eigenen Kirche wurde notwendig. Die Marsberger Presbyter und Industriepioniere Dr. Rentzing und Quinke sowie die Stadtberger Gewerkschaft förderten das Vorhaben und ein Spendenaufruf an die evangelischen Christen in Deutschland erbrachte den Grundstock zur Finanzierung.
1857 verfasste Pfarrer Stapenhorst einen flammenden Aufruf und erreichte damit ausreichende Spenden aus dem Hannoverschen und den deutschen Ostgebieten. Jetzt konnte das Grundstück am Jittenberg gekauft und eine Kirche für ca. 180 Personen gebaut werden. 1861 erfolgte die Grundsteinlegung der aus Marsberger Zechstein erbauten Kirche. Die vollständige liturgische Ausstattung finanzierte man über Sachspenden und es wurden zwei Glocken bestellt.
Am 17. August 1864 wurde die Kirche durch den Generalsuperintendenten und den Präses der Provinzialsynode eingeweiht. Seitdem thront die Kirche in der Verlängerung der Sichtachse der Hauptstraße „über“ der Stadt. Direkt nebenan steht das „Westemeyerkreuz“, ein uralter Platz eines Prozessionskreuzes. Dieses Kreuz wurde 1932 in der Werkstatt Westemeyer angefertigt.