Der historische Beginn des Marsberger Gymnasiums ist datiert auf den 23.Oktober 1865. Im damaligen Sitzungszimmer des Amtshauses an der Diemel nahmen 21 Schüler „jeglicher Confession“ den Schulbetrieb als „Rektoratschule“, eine von einem Geistlichen geleitete Schule, auf. Sie war zunächst eine unvollständige höhere Schule zur Vorbereitung auf das spätere, an einer anderen Schule zu absolvierendes Abitur. Später zog die Schule in ein Fachwerkhaus am Kirchplatz, an dessen Stelle im Jahr 1904 dieses Gebäude errichtet wurde.
Um 1923 entwickelte sich aus der „Rektoratschule“ eine höhere Stadtschule für Knaben. Die Mädchen wurden in einem Fachwerkhaus schräg gegenüber unterrichtet. Dieses Gebäude gehörte der Propsteigemeinde. Ab 1933 zog man wieder in die Rektoratschule um und es wurden Jungen und Mädchen gleichzeitig unterrichtet – damals etwas ganz Besonderes. Ehemalige Schüler erinnern sich noch gerne an die bunten Mützen, die sie als „Oberschüler“ tragen mussten.
Ab 1937 zog die Schule vorübergehend in die „Villa Rentzing“ und kooperierte fortan als „Zubringerschule“ mit dem Gymnasium Marianum in Warburg.
Von 1949 bis 1956 wurde die höhere Schule unter der Bezeichnung „städtisches Progymnasium“ wieder in diesem Gebäude am Kirchplatz untergebracht.
Über einen vorübergehenden Standort im jetzigen Sekundarschulgebäude zog das Gymnasium 1972 an den Standort „Schöffenwiese“.
Am 1. Juli 1988 wurde die ehemalige „Rektoratschule“ in einer feierlichen Veranstaltung den Marsberger Bürgern als „ihr Bürgerhaus“ übergeben.